WKS „Wawel” Kraków to klub z bardzo bogatą historią. Został założony 13 lipca 1919 roku, początkowo jako „Wawel”. Kilka lat później doszło do fuzji z innym sportowym ugrupowaniem – Wojskowym Klubem Sportowym, od tamtego momentu frakcja przyjęła ostateczną nazwę „Wojskowy KS Wawel”. Klub wielokrotnie zmieniał nazwę, w okresie powojennym działał jako cywilno-wojskowy KS „Wawel” (lub OWKS „Wawel”), natomiast w latach 1949 – 1953 Centralny Wojskowy Klub Sportowy Wawel. W 1957 roku nadano ostateczną nazwę WKS „Wawel” Kraków. Co ciekawe, w 2002 roku klub przestał być uważany jako wojskowy, jednak ówczesne władze postanowiły zostać przy tradycyjnej nazwie „WKS”.
Początkowo klub miał tylko jedną sekcję piłki nożnej, baza mieściła się na małym, polnym boisku w okolicach „Małych Błoń” - obszar na tyłach obecnych ulic Piastowskiej, pomiędzy Rudawą a ulicą Buszka. Po roku od założenia drużyna została zgłoszona do okręgowych rozgrywek Krakowskiego Związku Piłki Nożnej. Po trzech latach występów „Wawel” wygrał rozgrywki B-Klasy i awansował do stawki A-klasy, co jest pierwszym sukcesem w historii małopolskiej drużyny. W tym samym czasie klub wprowadza sekcję lekkoatletyczną. Czasy przedwojenne wiązały się ze z kryzysem ekonomicznym, który dotknął przede wszystkim kluby sportowe. „Wawel” w obliczu słabszej kondycji finansowej postanowił zawrzeć współpracę z Wojskowym Klubem Sportowym prowadzonym przez generała Bernarda Monda. Doszło do fuzji, która poskutkowała powstaniem „nowego” klubu - Wojskowego Klubu Sportowego „Wawel” Kraków. Kooperacja zaowocowała również poszerzeniem możliwości klubu, „Wawel” otworzył sekcję bokserską, strzelecką, szermierczą, kolarską oraz tenisa stołowego.
Okres wojenny przystopował rozwój, jednak nie przeszkodziło to w działaniu klubu. Zawodnicy uczestniczyli w tajemnych rozgrywkach sportowych. Członkowie klubu brali udział w organizowanej w 1944 roku „Olimpiadzie Jenieckiej”, przeprowadzonej w tajemnicy przed hitlerowskimi strażnikami w czasach okupacyjnych. Po zakończeniu II Wojny Światowej klub wstaje z umarłych i zaczyna nowe życie. Pierwsi założyciele i pozostali członkowie zarządu przenoszą się do nowo powstałej siedziby na skrzyżowaniu ówczesnych ulic Głowackiego, Bronowickiej i Podchorążych w Krakowie. W tym czasie „OWKS Wawel” święcił jedne z największych sukcesów i uważano go za najsilniejszy klub w całym kraju.
Koszykarki trzykrotnie z rzędu zdobywały tytuł mistrzyń Polski, piłkarze zdobyli tytuł wicemistrzów kraju, natomiast strzelcy, lekkoatleci, gimnastycy, bokserzy również święcili znaczące triumfy na arenie krajowej i międzynarodowej. Bardzo dobre wyniki nie spodobały się ministerstwu i usunięto z nazwy klubu „Centralny Klub Sportowy” - powodem miały być uzyskiwane lepsze wyniki na arenie sportowej od CWKS w Warszawie (obecnie Legia Warszawa) – wtedy to podjęto decyzję o powrocie do pierwotnej nazwy WKS „Wawel” Kraków.
Później nastąpił istny rozkwit klubowy. Setki zawodników klubu „Wawel” przez kilkadziesiąt lat uczestniczyło w zawodach rangi krajowej i światowej, aż 21 sportowców z krakowskiego syndykatu sportowego wzięło udział w Igrzyskach Olimpijskich. Nie da się ukryć, że najbardziej zasłużony w historii klubu jest maratończyk Robert Korzeniowski – jako członek klubu „Wawel” zdobywał tytuły olimpijskie, mistrzostw świata oraz Polski. Prócz utytułowanego lekkoatlety, pozostali zawodnicy klubu zdobywali tytuły oraz medale, niejednokrotnie bijąc rekordy w wielu dyscyplinach.
W 2002 roku klub zaprzestał współpracy z wojskiem, w wyniku czego klub stracił rangę „wojskowego”. Na specjalnym posiedzeniu zarządu podjęto decyzję o pozostawieniu w nazwie frazy „wojskowy” jako kontynuację bogatej tradycji.