1951 roku „Wawel” wygrał rozgrywki grupy D II ligi, po czym w barażach zdołał awansować do I ligi – ówczesnego, najwyższego poziomu rozgrywkowego w Polsce. Pierwszy sezon na szczycie nie należał do udanych, jednak już w 1953 roku OWKS „Wawel” Kraków sięgnął tytuł wicemistrzostwa Polski w piłce nożnej, co jest największym osiągnięciem w historii tego klubu. Rok później zespół został wycofany z rozgrywek, na mocy decyzji Ministerstwa Obrony Narodowej, prawo pozostania w ekstraklasie z wojskowych klubów dostała tylko siódma w lidze LEGIA (obecnie Legia Warszawa). Zespół z Krakowa trafił do rozgrywek II ligi, w którym to w sezonie 1963/1964 spadł do krakowskiej ligi okręgowej. Kilka lat później drużyna znów wróciła poziom II ligi grupy południowej, jednak w niekrótkim czasie znów zameldowała się w lidze okręgowej.
We wszystkich sezonach XXI wieku WKS „Wawel” Kraków występował w rozgrywkach lig okręgowych, przeplatając grę w klasach A i B.
Największym sukcesem WKS-u w startach pucharowych jest zwycięstwo w Pucharze Zlotu Młodych Przodowników, wtedy to w 1952 roku „Wawel” zdobył pierwsze miejsce i zgarnął główne trofeum. Na 11 meczów drużyna z Krakowa wygrała 10 z nich i w jednym zremisowała, kończąc puchar z imponującym bilansem 42-8. W 1952 oraz 1965 roku „Wawel” awansował do ćwierćfinału rozgrywek Pucharu Polski.