Największe sukcesy dla krakowskiego klubu notował maratończyk Robert Korzeniowski. Polski lekkoatleta zdobył aż cztery złote medale Igrzysk Olimpijskich (Atalanta 1996, Sydney 2000 oraz Ateny 2004). Korzeniowski zdobył także trzykrotnie złoty medal Mistrzostw Świata i Europy. Chodziarz urodzony w 1968 jest uznawany za jednego z najwybitniejszych sportowców w historii Polski.
„Wawel” w całej historii swojej działalności wychował 21 olimpijczyków. Oprócz Korzeniowskiego brązowy medal Igrzysk Olimpijskich zdobyły Helena Rakoczy, Danuta Stachow i Barbara Ślizowska w konkurencji ćwiczeń drużynowych z przyborem w gimnastyce sportowej.
Helena Rakoczy z Mistrzostw Świata w Bazylei 1950 roku przywiozła aż cztery złote medale, w gimnastyce sportowej zdobyła aż 26 (!) tytułów mistrzyni Polski, wielokrotnie bijąc rodzime i światowe rekordy. Cztery złote medale mistrzostw Polski zdobyła także Joanna Bartosz w 1971 roku.
Znaczące sukcesy notowali również lekkoatleci, którzy w czasach powojennych przywozili do Krakowa wiele medali i tytułów. Henryk Szordowski zdobył srebrny (Helsinki 1971) oraz brązowy (Ateny 1969) medal w lekkoatletycznych Mistrzostwach Europy w biegu na 1500 metrów. W przeciągu swojej kilkuletniej kariery zdobył aż 11 tytułów mistrza Polski w kilku konkurencjach biegowych, jednak najważniejsze triumfy święcił w kategoriach długodystansowych. Inną, uznaną biegaczką w historii „WKS” Wawel była Stanisława Ożoga, która w latach 1957-1962 zdobyła osiem złotych medali na Mistrzostwach Polski. Sześć złotych krążków w czempionacie krajowym przywiózł Edward Stawiarz, który w latach 1966-1973 nie miał sobie równych w maratonach na 10 kilometrów.
„Wawel” może pochwalić się również osiągnięciami w dyscyplinach, które zostały już niestety zamknięte. Na największą uwagę zasługują koszykarki, które były najlepszymi w Polsce w latach 1958-1962. Zawodniczki z Krakowa zdobyły tytuł mistrzyń w 1959 roku i cztery wicemistrzostwa Polski (1958, 1960, 1961, 1962). W czasach ścisłej współpracy z Wojskiem prowadzona była sekcja bokserska, największym sukcesem było dwukrotne mistrzostwo Polski Mieczysława Chrostka w 1936 i w 1937 w wadze piórkowej.
WKS niemal od początku swojego istnienia prowadził sekcję strzelecką, w niej najbardziej wyróżniali się Wiesław Gawlikowski oraz Łukasz Czapla. Pierwszy zdobył wicemistrzostwo świata w 1969 roku w Sam Sebastian w Hiszpanii. Jest multimedalistą mistrzostw Europy w strzelectwie sportowym, jego koronną konkurencją był skeet, czyli strzelanie do rzutów wypuszczanych z kilku miejsc po bokach pola pod różnym kątem. Czapla jest światowym specjalistą w strzelectwie z karabinku sportowego, w swojej karierze przywiózł do Krakowa kilkadziesiąt medali w różnych konkurencjach.
Największym sukcesem piłkarzy jest zdobycie wicemistrzostwa Polski w sezonie 1953 roku. W 1952 roku zespół z małopolski wygrał puchar Zlotu Młodych Przodowników. W 1952 oraz 1965 roku drużyna „Wawel Kraków” meldowała się w ćwierćfinale Pucharu Polski.